孩子半睡半醒时摇头，最常见的可能是孩子缺乏维生素D，或者缺乏钙导致的佝偻病，会引起孩子神经肌肉的兴奋性增高，从而导致孩子出现半睡半醒时摇头的现象，同时还会伴有夜间睡眠不安稳、频繁的夜间惊醒、哭闹、多汗、枕秃、方颅、鸡胸、漏斗胸、肋缘外翻等症状。

需要及时带孩子到医院检查维生素D和钙的水平，如果确实存在维生素D和钙的缺乏，需要积极地补充维生素D和钙，同时让孩子多晒太阳。当维生素D和钙的水平提升之后，孩子半睡半醒时摇头的现象也会随之得到改善。

除此以外，还要注意排查孩子可能存在癫痫，需要及时带孩子到医院就诊，检查头部CT或核磁共振。同时检查脑电图，最好是二十四小时的脑电图明确诊断，从而及时给予针对性的治疗。