临床上原发性肝癌的肿块较大，中心容易出现坏死，特别是并发感染的时候，与肝脓肿不容易区别，但肝癌的坏死密度高于肝脓肿，形态呈裂隙状或不规则状，病灶增强通常为环形的，厚薄不均匀的强化，有时候可以见到结节的阴影，边缘高低不平，增强持续时间短，增强后病灶边缘与正常的肝组织间分界更为清晰。

如果伴有门脉癌栓，腹膜后以及肝门的淋巴结肿大，其甲胎蛋白AFP升高，更有助于肝癌的诊断，短期治疗复查病变明显好转，也支持肝脓肿的诊断。

细菌性肝脓肿临床主要表现有发热、肝区疼痛，同时还会有炎症感染的症状，白细胞计数会明显升高，肝区叩击痛和触痛明显，左上腹肌紧张，周围腹壁通常有水肿，临床上多次的超声检测可以发现脓肿的液性暗区。

另外，在超声引导下穿刺脓肿抽液有助于确诊，CT扫描的时候动态增强扫描能够显示肝脓肿病变的特点，解释其病理过程，结合临床能够对肝脓肿作出全面正确的判断，为临床治疗比较容易区分。