肠易激综合征目前没有特效的治疗方法，治疗的总体目标是消除患者的顾虑，缓解症状提高生活质量。

患者可以进行饮食调整，补充膳食纤维，对便秘型的患者有一定疗效。日常饮食要避免过度饮酒、饮用浓茶咖啡，以及进食高脂食物，进食某些有产气作用的蔬菜水果。

另外，还要给予对症的药物治疗，如果有腹痛给予阿托品、东莨菪碱、山莨菪碱来解痉止痛，腹泻患者可以给予蒙脱石散、洛哌丁胺等来缓解腹泻。

对于部分患者有焦虑抑郁倾向，要给予抗焦虑治疗，一般给予小剂量的三环类抗抑郁药，或者进行认知治疗，还要给予调节内脏感觉的药物，如5-羟色氨酸，选择性药物如阿洛司琼，有强效的镇吐作用，能够缓解腹泻型患者的腹痛和大便次数。

如果有明显的胃胀腹胀，可以给予莫沙必利、伊托必利等药物。还可以口服益生菌制剂调节肠道菌群，给予心理及行为治疗，改善临床不适感觉。