克罗恩病首选的治疗药物是氨基水杨酸盐类药物，水杨酸硫代磺胺吡啶在结肠内由细菌分解为5-氨基水杨酸和磺胺，5-氨基水杨酸是治疗的有效成分。患者服用水杨酸硫代磺吡啶期间需要补充叶酸。

该药的作用机制是通过对肠黏膜局部花生四烯酸代谢的多个环节进行调节，抑制前列腺素、白三烯的合成，清除氧自由基抑制免疫反应。5-氨基水杨酸作为灌肠剂与肛栓剂治疗溃疡性直肠炎均有较好的疗效。

克罗恩病患者还可使用糖皮质激素治疗，糖皮质激素是通过抑制T淋巴细胞活性，及细胞分子分泌发挥抗炎的作用，治疗该病的时候初始开始使用糖皮质激素，起始剂量需要足量，否则影响其疗效。

免疫制剂的使用是通过阻断淋巴细胞增殖活化和效应机制而发挥其作用，适用于无激素依赖或使用激素以后诱导缓解治疗。