伤寒肠道病变的好发部位在回肠下端。未被胃酸杀死的部分伤寒杆菌到达回肠下端穿过黏膜上皮屏障侵入回肠集合淋巴结的单核吞噬细胞内繁殖，形成初发病灶，进一步侵犯肠系膜淋巴结，经胸导管进入血液循环，形成第一次菌血症。

伤寒杆菌被单核巨噬细胞系统吞噬，繁殖后再次进入血液循环，形成第二次菌血症，伤寒杆菌向肝、胆、脾、骨髓、肾和皮肤等器官组织播散。肠壁淋巴结出现髓样肿胀、增生、坏死。

在胆道系统内大量繁殖的伤寒杆菌随胆汁排出到肠道，一部分经肠道黏膜，再次侵入肠壁淋巴结，使原先致敏的淋巴组织发生严重的炎症反应，可以引起溃疡形成。

当坏死或溃疡病变累及血管时，可引起肠出血。当溃疡侵犯小肠的肌层和浆膜层时，可以引起肠穿孔。随着机体免疫功能的增强，伤寒杆菌在血液和各脏器中被清除，肠壁溃疡愈合，临床处于恢复期。