疟疾的传播途径主要是蚊虫叮咬传播。疟疾的传播媒介为雌性按蚊，经人叮咬传播。少数病例可因输入带有疟原虫血液或经母婴传播。母婴传播的疟疾称为先天性疟疾或经胎盘传播的疟疾。

最重要的疟疾传播媒介是中华按蚊，是平原地区间日疟的主要传播媒介。山区的疟疾传播以微小按蚊为主，在丘陵地区则以嗜人按蚊为主要媒介。在海南省的山林地区，主要的传播媒介是大裂按蚊。

此外，传播疟疾的媒介尚有多斑按蚊、巴拉按蚊。疟疾的传染源主要是疟疾患者和疟原虫患者。人对疟疾普遍易感，感染后虽可获得一定程度的免疫力，但不持久。再次感染同种疟原虫，临床症状较轻，甚至可无症状。

当来自非疟疾流行区的人员感染病原虫时，临床表现常较严重，各型疟疾之间无交叉免疫反应。疟疾主要流行于热带和亚热带，其次为温带，与按蚊的生活及繁殖环境密切相关。