真菌败血症临床上十分严重，病情危重，病死率极高，可以达到40%-80%，但是只要进行积极地抗真菌治疗，是可以治愈的。

真菌败血症主要是抗真菌治疗，可以选用三唑类如氟康唑、伊曲康唑、伏立康唑，或多烯类，如两性霉素B，或棘白菌素类注射用醋酸卡泊芬净等进行抗真菌治疗。

两性霉素B抗真菌作用强，但毒性反应大，必要时可用两性霉素脂质体，抗真菌治疗的疗程要长，至少为2周。

如果有原发或转移性感染病灶应适当延长，一般用至体温正常，及感染症状、体征消失后5-10天，合并感染性心内膜炎者疗程4-6周。

除了进行抗真菌治疗以外，还应去除感染的原发病灶，脓肿应该切开引流，胸腔、腹腔或心包腔积液、积脓者应酌情穿刺抽脓，或手术引流，胆道或泌尿道梗阻者应手术治疗。

导管相关性败血症应及早去除或更换导管，酌情使用物理降温。如患者出现感染性休克，给予扩容、纠酸、血管活性药物，维护心、脑、肾、肺等重要脏器的功能。