子宫内膜异位症患者的治疗目的主要是缩减和去除病因，减轻和控制疼痛，促进生育，预防和减少复发。治疗方法根据患者的年龄、症状、病变部位和范围，以及生育的要求等综合考虑。

疾病主要的治疗方法包括药物治疗、手术治疗。对于比较年轻的患者一般采用期待疗法，有生育要求的轻度患者，优先考虑药物治疗。对于病变比较严重的患者，可以考虑手术治疗。

年轻但没有生育要求的重症患者，可以采取保留卵巢功能的手术，并且辅助以激素治疗。对于症状和病变均比较严重，而且没有生育要求的患者，可以考虑根治性的手术。

药物治疗的目的主要是控制症状和解决生育要求，主要是对症治疗，以及激素抑制疗法。对症治疗主要是针对患者的疼痛给予止痛药物，比如吲哚美辛以及布洛芬等。激素治疗主要是采用性激素治疗，使患者较长时间地闭经，从而达到缓解疼痛。

患者还可以选择手术治疗，手术治疗主要适用于药物治疗后症状不缓解，或者是卵巢内膜异位囊肿，直径>5cm以上的患者。