手足口病最主要的易感人群为低年龄组儿童，5岁以下儿童为主，3岁以下儿童发病率最高。

人群对引起手足口病的肠道病毒普遍易感，隐性感染与显性感染之比约为100:1。显性及隐性感染均可以获得一定的免疫力，持续时间不明确。

成人大部分为隐性感染，感染后可诱生具有型和亚组特异性的中和抗体及肠道局部抗体，各型之间先有交叉保护免疫，也可以再次发生感染。

手足口病的传染源包括患者和隐性感染者，流行期间患者为主要的传染源，无明显前驱期，病毒主要存在于血液、鼻咽分泌物及粪便中。

粪便中病毒排毒时间为4-8周，一般以发病后1周内传染性最强，散发期间隐性感染者为主要的传染源。

手足口病主要经粪口途径传播，其次是经呼吸道飞沫传播和密切接触传播。本病传染性强，患者和病毒携带者的粪便、呼吸道分泌物及患者的黏膜、疱疹中含有大量的病毒。