手足口病是由肠道病毒，以及柯萨奇病毒引起的。手足口病病原体多样，均为单股正链的RNA病毒，小RNA病毒科肠病毒属。

引起手足口病的肠道病毒有EV71型、柯萨奇病毒、埃可病毒。其中EV71和柯萨奇病毒A16为引起手足口病的最常见的病原体。病毒颗粒呈立体对称的20面体球形结构，无包膜，直径20-30纳米，其衣壳由VP1、VP2、VP3、VP4蛋白拼装而成。VP1、VP2、VP3位于病毒外壳的表面，VP4位于病毒衣壳内部。

手足口病病毒对外界环境的抵抗力较强，室温下可存活数日，污水和粪便中可以存活数月。在pH值3-9的环境中稳定，不易被胃酸和胆汁灭活。病毒对乙醚、去污剂、弱酸等有抵抗力，能抵抗70%的乙醇和5%的甲酚皂溶液。对紫外线和干燥敏感，对多种氧化剂、甲醛和碘酒也都比较敏感。