关于卵巢囊肿手术是否要切除卵巢，要分几个方面来综合判断，如果按患者所描述的48mm×36，单位也是毫米，属于中等大小的卵巢囊肿，可能不需要切除卵巢。

如果囊肿的检查提示囊肿囊壁光滑、边界清楚、没有明显血流信号，可能是生理性囊肿，或者其他良性卵巢肿瘤。

如果患者是没有生育过，或者有生育需求的年轻女性，手术优先选择是卵巢囊肿的剥除，而不是切除卵巢，保留卵巢才有保留产生卵子的器官。

但如果已经完成生育要求，卵巢囊肿检查提示边界不清楚、有实质性的成分、探及明显的血流信号，或是双侧的卵巢都有囊肿，对于围绝经期的女性，比如45岁以上，可以考虑做一侧卵巢的切除，治疗效果比较确切。

总之，如果判断是良性的卵巢囊肿，有保留卵巢的操作可能，不一定非得切除卵巢。但如果是怀疑有恶性或者是良恶性无法区别，可以考虑将卵巢切除。