胃肠间质瘤通常质地较脆，尤其体积大的肿瘤，往往有瘤内出血或坏死。术前或术中肿瘤破裂是预后差的主要原因之一，日常医生会根据患者的具体情况选择是否活检。

胃肠间质瘤肿瘤质地软且脆，活检易引起肿瘤出血或增加肿瘤播散的风险。并且由于胃肠间质瘤很少发生淋巴结转移，所以除非有明确淋巴结转移迹象，否则不必常规清扫。

同时如果胃肠间质瘤的肿瘤可以完全切除，也不推荐术前活检。对于较大病灶，预计可能需要联合多脏器手术，或者计划进行新辅助治疗，所以活检是必要的，有助于明确诊断以计划最佳的治疗方案。

如果偶然发现的肿瘤，疑似胃肠间质瘤。为了排除其他疾病明确诊断，可考虑活检。超声内镜引导下进行活检。如果规范地进行操作，由于穿刺导致的腹腔内污染是可以忽略的。