甲状腺激素应用时机问题，临床意见不一。有学者主张本病一经确诊，应该立即服用一定剂量的甲状腺制剂，以预防和阻止恶性病变的发生。大多数临床医师则以亚临床或临床甲状腺功能减退症，以及压迫症状作为用药指征。

有学者推荐的治疗指标是血清TSH>10mIU/L 或TSH升高但未超过10mIU/L伴有甲状腺功能减退症的高危因素，比如高滴度的甲状腺自身抗体、浮肿、高脂血症，反之可以门诊随诊。如果是流行病学调查而非诊疗，上述血清TSH水平在半年之后复查。

研究发现，当血清TSH>10个mIU/L甲状腺激素治疗，可以显著降低总胆固醇和低密度胆固醇的水平。当TSH<10个mIU/L时，上述指标不受甲状腺激素治疗的影响。