选择性垂体抵抗型甲状腺激素不敏感综合征应该与以下疾病相鉴别：

第一，Graves病伴甲状腺功能亢进症，因为甲状腺激素不敏感综合征患者常有甲状腺弥漫性肿大、窦性心动过速，所以容易被误诊为Graves病伴甲状腺功能亢进症。血清学检查显示Graves病伴甲状腺功能亢进症患者血清甲状腺激素水平是增高的，TSH降低或者显著被抑制。

甲状腺激素不敏感综合征患者的血清甲状腺激素水平是升高的，TSH大多数是正常或者明显升高，这是两者主要的鉴别诊断点。

第二，垂体促甲状腺激素腺瘤，一旦患者有明确的高甲状腺素血症存在，并伴有TSH正常或者升高，应该与引起TSH升高的垂体促甲状腺激素腺瘤相鉴别。

垂体促甲状腺激素腺瘤多为大腺瘤，其微腺瘤不足10%，促甲状腺激素腺瘤的TSH升高不能被大剂量的地塞米松所抑制，大剂量外源的L-T3负荷试验TSH不被抑制，TSH可以被生长抑素所抑制，影像学上检查可以发现垂体的占位，这些特征可以帮助鉴别诊断。

第三点，异位TSH综合征，大多数的恶性肿瘤可以分泌TSH的类似物，引起异位的TSH综合征的表现。