非淋菌性尿道炎的症状，主要有尿频、尿急、尿痛等尿路刺激征。不同的部位的症状也不太相同。

如果是膀胱炎可以有急性单纯性的膀胱炎和反复发作的膀胱炎。除了尿路刺激征外，还可以有耻骨上方的疼痛或压痛，部分的患者可以出现排尿困难，尿液浑浊，一般没有全身症状。如果是肾盂肾炎，也有急性和慢性之分。如果是急性，通常会有全身症状，例如发热、寒战、头痛、全身酸重、呕吐、恶心，体温多在38℃以上。另外就是泌尿系的症状，比如尿路刺激征、排尿困难，另外还有腰痛，多为钝痛或者是酸痛。体检的时候可以出现肾区的叩击痛。

慢性肾盂肾炎的临床表现不典型，有时候往往就是一种无症状性的菌尿，可以有不同程度的低热、间断性的尿频、排尿困难等，或者是夜尿增多。