巧克力囊肿的学名叫卵巢子宫内膜异位囊肿，属于卵巢良性病变，但其也有恶性病变的可能，概率一般是3%-6%。良恶性的区分主要是要根据几个方面：

1、临床症状：一般的良性肿瘤不会出现类似于恶性肿瘤的消耗性表现，所谓消耗性的表现就会表现为消瘦、疲软，甚至于极度消瘦的状态，如果出现这样的情况，就有可能是恶性疾病。

2、检测指标：良恶性的巧克力囊肿还是有明显的区别，最常用而且最敏感的应该是糖类抗原125，也就是CA12-5。虽然巧克力囊肿CA12-5会升高，但是一般也无法达到卵巢癌成百上千的标准。如果检查发现CA12-5水平特别高，要警惕是否有恶性的卵巢肿瘤，甚至恶性的巧克力囊肿。

此外，对于巧克力囊肿的大小也可以做初步评估，一般巧克力囊肿大小在6cm以下。临床上也可以看到10cm左右的卵巢巧克力囊肿，如果还是双侧的巧克力囊肿，也要警惕是否是卵巢恶性巧克力囊肿的可能。若双侧的囊肿很大、CA12-5水平很高，也是符合卵巢癌的表现。