重症肌无力的患者药物治疗方面首选胆碱酯酶抑制剂，属于症状性的治疗，最常用的是溴吡斯的明片，是治疗所有类型的重症肌无力的一线药物，它可以缓解或者改善绝大部分重症肌无力患者的临床症状。

根据病情与激素及其他非激素类免疫制剂的联合使用情况，副作用就包括恶心、流涎、腹痛、腹泻、心动过缓及出汗等。如果怀孕的妇女使用溴吡斯的明片，则证明该药物安全。

另一个治疗药物就是免疫抑制剂，免疫制剂包括糖皮质激素和其他口服的非激素类的免疫制剂，包括硫唑嘌呤、他克莫司、吗替麦考酚酯、环孢素、甲氨蝶呤及环磷酰胺等，非激素类的免疫制剂在糖皮质激素减量以及预防重症肌无力复发之中发挥重要作用。一般还有靶向的生物制剂，包括靶向补体的依库珠单抗，以及靶向B细胞的利妥昔单抗，但临床上使用相对量会比较少。