重症肌无力截至目前主要包括药物治疗及手术治疗，药物治疗方面，胆碱酯酶抑制剂仍然是治疗所有重症肌无力的一线药物，可以快速缓解大部分重症肌无力的临床症状，可以合并使用免疫抑制剂，包括糖皮质激素和其他口服非激素类的免疫抑制剂，如硫唑嘌呤、他克莫司、吗替麦考酚酯、环孢素，即甲氨蝶呤及环磷酰胺等。

在众多的免疫制剂中，非激素类的免疫制剂在预防和减少重症肌无力复发中发挥重要作用。糖皮质激素可以使70%-80%的患者症状得到明显的改善，主要口服是醋酸泼尼松及甲泼尼龙。靶向的生物制剂，目前上已经可以用于临床，并经过美国食品及药物监督管理局批准使用的靶向补体的单抗以及靶向B细胞的利妥昔单抗。

手术治疗方面主要是采用胸腺切除的治疗手段，尤其是针对胸腺瘤的患者，应该尽早进行胸腺切除。非胸腺瘤的重症肌无力患者，随适应证就治疗无效，就内科治疗保守治疗无效的重症肌无力患者，可以进行胸腺切除，一般缓解率高达6%-50%。

自体造血干细胞移植也是药物研发的方向，一些个案报道就认为，针对重症肌无力使用药物缓解不好的患者可以试用此治疗方案。有望成为该类患者的重要治疗手段之一，尤其是对难治性的复发性重症肌无力患者。