乳腺纤维腺瘤本身不易恶变成乳腺癌，恶变几率仅为0.1-0.3%。乳腺纤维腺瘤有很多亚型，其中复杂型的纤维腺瘤中的腺上皮，有时会发生异型增生，形成纤维腺瘤内的原位导管癌变和小叶癌变，手术切除后预后非常好，很少发生复发和转移。

虽然乳腺纤维腺瘤本身不易发生癌变，但有时乳腺纤维腺瘤和乳腺癌可以同时发生，两者的发生均与患者体内性激素水平失衡，卵巢功能旺盛，雌激素水平过高有关。很多病例会出现乳腺癌浸润到乳腺纤维腺瘤组织内，没有什么临床意义，也不影响乳腺癌患者的预后。

乳腺纤维腺瘤是一种常见的双向分化的良性肿瘤，一般发展缓慢，没有症状的无痛性结节，可活动，一般不需要任何治疗。但需要影像学随访，约10-40%的纤维腺瘤会自发消失，如果完全切除一般很少会复发。