癫痫的发病原因多种多样，可能是由于先天发育异常，常见为大脑皮质部位先天发育异常。也可能是遗传性疾病所致，例如某些基因突变。

也可能继发于其他疾病，例如脑炎、脑膜炎、自身免疫性脑炎、颅脑外伤、脑梗死、脑出血，脑肿瘤、脑寄生虫病、蛛网膜下腔出血等脑部疾病所致。

还可继发于其他系统性疾病，例如尿毒症、系统性红斑狼疮脑部损害、梅毒患者侵犯神经系统，肝性脑病、消化道大出血、糖尿病、一氧化碳中毒等疾病。

还有部分癫痫原因不明，在各种原因作用下导致脑内某些神经元的异常持续兴奋性增高和阵发性放电，出现癫痫发作。

在癫痫患者的诊断中需要重视病因诊断，抗癫痫治疗同时针对患者病因进行治疗，可以有效达到临床治愈。例如颅内感染患者经过抗感染治疗后，可以有效改善癫痫发作；自身免疫性脑炎抗癫痫同时需要糖皮质激素治疗；脑寄生虫患者需要抗虫治疗。

明确癫痫病因，还可以帮助判断癫痫预后，以及评估是否具有遗传倾向。