卵巢囊肿和巧克力囊肿的区别，首先是他们的病因不同，其次是他们的临床症状有所不同。

卵巢囊肿不包括生理性的卵巢囊肿，均指病理性的囊肿，卵巢囊肿属于卵巢肿瘤的一种，常见的类型包括上皮性的肿瘤，以及非上皮性的肿瘤。上皮肿瘤常见的类型包括浆液性囊腺瘤、黏液性囊腺瘤，及子宫内膜样的囊性瘤，这类型的肿瘤主要是来源于卵巢表面的生发上皮，而生发上皮是具有分化为各种苗勒上皮的潜能，如果向输卵管上皮分化，就可以形成浆液性囊腺瘤，向宫颈黏膜分化就形成的黏液性囊腺瘤，向子宫内膜分化，形成了子宫内膜样的囊腺瘤，另外一种类型就是非上皮性的卵巢肿瘤，典型的代表就是卵巢生殖细胞肿瘤里的卵巢畸胎瘤。该类型肿瘤多发生于青春期的女性或者幼女，主要是由原始生殖细胞而形成。

巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种，是由于有活性的子宫内膜移位于卵巢表面反复出血形成的囊肿，它是一种出血性的疾病。

卵巢囊肿多数是没有临床症状的，如果发生急腹症主要是卵巢囊肿蒂扭转。而巧克力囊肿多数是伴有痛经的，是属于疼痛性的疾病，另外有些患者可以合并月经改变。卵巢囊肿可以引起盆腔脏器反复的粘连，一般不会引起蒂扭转，主要是引起囊肿破裂导致的急腹症。另外，卵巢囊肿一般不影响怀孕，而巧克力囊肿往往是影响怀孕的，容易合并不孕症。