自然流产16天了还在出血，不一定是宫外孕。如果在流产前经过超声检查确定是宫内怀孕，这种之后发生的流产就可以排除宫外孕的情况。如果在流产前从来没有做过超声，不知道是不是宫内怀孕，就不能除外宫外孕了。需要到医院做超声检查和抽血的化验检查，进一步排除宫外孕的情况。

还有一部分自然流产的病例是因为发生了不全流产，有残留的胚胎或者是蜕膜组织在子宫里面，经过超声可以明确诊断，诊断之后根据具体的情况决定是否刮宫。另外还有一种少见情况就是怀孕的一种特殊情况，比如葡萄胎或者是其他滋养细胞疾病，这一部分患者通过超声检查和抽血化验，血中绒毛膜促性腺激素的水平就可以进一步确定，确定以后根据临床检查的结果，做刮宫或者是做其他方面的处理，所以自然流产16天还在出血。要到医院做进一步的检查。不能在家等待，等待如果是宫外孕突然发生破裂就会有生命危险。如果有流产不全需要刮宫也要进一步处理。