中医治疗腘窝囊肿，可以使用药物外敷，结合按摩、针灸进行治疗。因为腘窝囊肿主要原因是前方膝关节骨关节退变，积液流到了腘窝，产生了囊肿，其根源是骨关节炎。当骨关节炎得到了很好的治疗，腘窝囊肿才能得到很好的治疗。

中医可以采用针灸的方法，对腘窝周围的肌肉进行针灸，可以调节腘窝肌肉张力，达到平衡的状态，按摩、艾灸时也可以在此部位，另外，外用中药可以采用中成药。在中医治疗的同时，一定要结合关节训练。因为膝关节骨关节炎有很大部分与股四头肌薄弱有关，如果前方股四头肌薄弱造成了膝关节骨性关节炎，可能会引起腘窝囊肿复发。

所以在中医治疗的时候，要进行股四头肌的抗阻训练，例如打太极拳，或者是使用健身器械进行抗阻训练。腘窝囊肿的根源是前方的骨关节炎，骨关节炎的根源是肌肉力量较弱，所以加强关节稳定性和肌肉训练，才是治疗腘窝囊肿最根本的方法。