多肾囊肿的治疗办法有微创手术或者肾囊肿穿刺抽液无水乙醇硬化术，微创手术就是在腹腔镜下进行肾囊肿去顶减压术，但是目前医学上肾囊肿穿刺抽液无水乙醇硬化术创伤更小。若临床上出现了腰痛腰胀，肾囊肿变大，这个时候肾囊肿的位置在肾脏的表面或者肾脏的下极，可以在彩超定位下进行肾囊肿穿刺抽液。无水乙醇硬化囊肿上皮细胞，使囊肿壁闭合，防止肾囊肿复发。若肾囊肿的位置在肾脏的内部靠近肾盂或者肾脏的上极，建议进行微创手术肾囊肿去顶减压术。

肾囊肿目前无药物治疗，肾囊肿是一种良性病变，一般不会引起恶变及高血压，肾功能衰竭。得了肾囊肿，需要和多囊肾进行鉴别，多囊肾是一种遗传性疾病，都有家族史，临床表现为血尿，高血压，肾功能下降。一旦出现肾功能下降，呈慢性进行性进展，直至肾下极的终末期尿毒症期，需要血液透析或腹膜透析治疗。