胚胎停止发育的原因中，胚胎因素、胚胎染色体异常是导致流产的主要原因。早期的胚胎染色体检查发现50%-60%有染色体的异常，还有母体的因素，全身性疾病，如全身性感染时可以导致子宫收缩，引起流产，梅毒、流感、巨细胞病毒、支原体、衣原体感染等可以导致流产。

孕妇患有严重的贫血、高血压、慢性肾炎、严重营养不良等缺血缺氧性疾病时，也可以导致流产。还有内分泌的异常，如黄体功能不足、甲状腺功能低下、严重的糖尿病血糖未控制等，均可以导致胚胎停止发育。

还有免疫功能的异常，母体封闭抗体不足、母儿血型不合、抗磷脂抗体产生过多、抗精子抗体的存在，都可以使胚胎受到排斥而发生流产。

还有生殖器官的异常，如子宫发育不良、单角子宫、双角子宫、子宫纵隔、子宫腔粘连、子宫肌瘤等，都可以影响囊胚的着床和发育，而导致流产，还有创伤的刺激、不良习惯的形成等。