肛周脓肿和肛瘘是一个疾病的两个阶段，肛周脓肿切开引流术后或肛周脓肿自行破溃、脓液溢出后，形成慢性炎症病变，就是肛瘘。肛瘘外口随着时间延长可能会愈合，但是内口和瘘管仍然存在，一旦细菌再次进入内口，感染由瘘管蔓延，不能由外口引流，可以引发出肛周脓肿。

急性期的肛周脓肿出现红肿、疼痛等症状，本病的治疗没有太多选择，治愈的方法只有手术，而且越早越好。早期通过积极的手术治疗，绝大部分肛周脓肿可以获得治愈。如果不能马上手术，也可以切开外口引流，同时药物抗感染，将急性期转为慢性期，待炎症消退后，仅为肛瘘时，再手术治疗肛瘘。

肛瘘的手术方式有很多，具体手术方式要根据具体病情决定、肛瘘的复杂程度决定。单纯切开术、肛瘘切除术可以治疗简单性肛瘘；直肠内推移皮瓣技术、括约肌间瘘管结扎术可以治疗复杂性肛瘘；高位肛瘘需要做高位挂线、低位切开引流术。