一般病情较轻的肛瘘患者住院总花费大约5000元，而复杂的肛瘘，因为需要做检查，而且手术比较困难，可能需要1-2万元。

临床上常将肛瘘分为简单和复杂两种，每种肛瘘又分为低危和高危，简单的肛瘘只有1个内口和外口，而复杂肛瘘则有多个管道和外口，简单低位瘘位置浅，瘘道直，手术容易，复杂低位瘘，因内口位置不高，所以手术也不复杂，但高位肛瘘无论是简单还是复杂瘘，手术则相对比较难，因为瘘管走行的位置较高。

目前治疗简单低位瘘的方法大同小异，即将瘘管内外口全部切开，使创面完全开放，然后经过换药可以使创面达到愈合。治疗低位复杂瘘、高位肛瘘则因手术水平的差异也存在很大差别。

有的治疗低位复杂瘘的方法是将所有外口及管道全部切开，这样一来，创口虽然愈合，但手术后可能会有疤痕。治疗各种高位肛瘘则采用传统的挂线术方法。