手术治疗是目前唯一根治肛瘘的方法，如果肛瘘长期不治，影响生活质量是一方面，关键是超过10年以上的肛瘘，会有癌变的风险，肛瘘手术要越早越好，早期肛瘘手术容易成功，并且痛苦也小。

如果错过早期，最好选择肛瘘静止期做手术，治愈率会更高，在肛瘘活动期一般不建议手术治疗。肛瘘手术的难点在于定位瘘管、寻找内口。万一内口没有找到，瘘管清理不干净会直接影响手术的成功率。

另外，微创手术比传统手术疼痛少，治疗时间短，创口小，但只能针对简单性肛瘘，对于复杂性或者高位肛瘘，还是传统手术比较好，第一次手术成功彻底治愈肛瘘的例子很多。

手术康复后的不良生活习惯会导致肛瘘复发，所以一定要注重改掉之前的不良饮食习惯，在此期间要特别注意护理环节，及时吃药、换药、坐浴，适量进食富有营养的流质食物。