多囊卵巢综合征的治疗包括调整月经周期、治疗高雄激素血症、胰岛素抵抗的治疗以及促排卵治疗。这些治疗方法以药物治疗为主，尤其是促排卵治疗。

另外还可以选择卵巢打孔手术，适用于经过促排卵治疗以后仍然不能诱发排卵的患者。卵巢打孔手术目前多采用激光或者单极电凝将卵泡气化或电凝，许多妊娠发生在腹腔镜术后1-6个月，其作用机制主要是破坏产生雄激素的卵巢间质，间接调节卵巢垂体轴，血清LH和睾酮水平下降，增加妊娠的机会，并可能降低流产的危险。但也有一定的合并症，主要合并症为盆腔粘连，偶尔会有卵巢萎缩情况发生。

除此之外，多囊卵巢综合征的治疗方法仍然是以药物治疗为主，其中在药物治疗之前改变患者生活方式、控制体重、进行运动减脂等都是一项非常重要的措施。多囊卵巢综合征治疗的同时要预防并发症，包括2型糖尿病、心血管系统疾病以及子宫内膜癌等。