肺血栓栓塞症一般需要与冠状动脉粥样硬化性心脏病、肺炎、其他原因引起的胸腔积液等进行鉴别，有时症状可能会比较类似，需要及时到医院呼吸内科、心血管内科等科室就诊，并请医生进行检查来明确诊断。

1、冠状动脉粥样硬化性心脏病：一部分肺血栓栓塞症病人因血流动力学变化，可出现冠状动脉供血不足，从而导致心肌缺氧，表现为胸闷、心绞痛样胸痛，心电图有心肌缺血样改变，易误诊为冠心病所致心绞痛或心肌梗死；

2、肺炎：当肺血栓栓塞症有咳嗽、咯血、呼吸困难、胸膜炎样胸痛，出现肺不张、肺部阴影，尤其同时合并发热时，易被误诊为肺炎。肺炎有相应肺部和全身感染的表现，如咳脓性痰伴寒战高热，外周血白细胞和中性粒细胞比例增加等，抗生素治疗有效；

3、其他原因引起的胸腔积液：病人可出现胸膜炎样胸痛，合并胸腔积液，需与结核、肺炎、肿瘤、心力衰竭等其他原因所致的胸腔积液相鉴别。

除此之外，还需要与表现为晕厥疾病、表现为休克的疾病等进行鉴别，也需要与慢性血栓栓塞性肺动脉高压等进行鉴别，需要到医院进行血常规、B超等明确诊断。