新生儿发生胎粪吸入综合征与胎粪吸入、不均匀气道阻塞、肺组织化学性炎症以及肺动脉高压等原因有关，多见于足月儿或过期产儿。

1、胎粪吸入：当胎儿在宫内或分娩过程中缺氧，肠道及皮肤血流量减少，迷走神经兴奋，肠壁缺血，肠蠕动增快，导致肛门括约肌松弛而排出胎粪。与此同时，缺氧使胎儿产生呼吸运动将胎粪吸入气管内或肺内，或在胎儿娩出建立有效呼吸后将其吸入肺内。该病发生率与胎龄有关，如胎龄大于42周，发生率>30%，胎龄小于37周，发生率<2%，胎龄不足34周者极少有羊水胎粪污染的情况发生。

2、不均匀气道阻塞：该病的主要病理变化是由于胎粪机械性地阻塞呼吸道所致，肺不张肺气肿和正常肺泡同时存在，其各自所占的比例决定患儿临床表现的轻重；

3、肺组织化学性炎症：当胎粪吸入后12-24小时，由于胎粪中胆盐等成分的刺激作用，局部肺组织可发生化学性炎症及间质性肺气肿。此外胎粪还有利于细菌生长故也可继发肺部的细菌性炎症；

4、肺动脉高压：多发生于足月儿，在患有该病的新生儿中，约1/3可并发不同程度的肺动脉高压。在胎粪吸入所致的肺不张、肺气肿及肺组织炎症，以及肺表面活性物质继发性灭活的基础上，缺氧和混合性酸中毒进一步加重，使患儿肺血管阻力不能适应生后环境的变化而下降，出现持续性增高，导致新生儿持续性肺动脉高压。

此外，胎粪可使肺表面活性蛋白灭活，使肺泡表面糖蛋白SP-A及SP-B的产生减少，导致肺顺应性降低，

肺泡萎陷进一步加重肺泡的通气和换气功能障碍胎粪对肺表面活性蛋白合成分泌的抑制程度与吸入的胎粪量相关。