新生儿呼吸窘迫综合征可与湿肺、B组链球菌肺炎以及膈疝等疾病进行鉴别诊断，一旦发病，会导致新生儿出现呼吸困难，严重影响了身体健康。

1、湿肺：又称新生儿暂时性呼吸增快。多见于足月儿或剖宫产儿，是由于肺内液体吸收及清除延迟所致，为自限性疾病。生后数小时内出现呼吸增快（>60~80次/分）但一般状态及反应较好，重者也可有青紫及呻吟等表现。

听诊呼吸音减低，可闻及湿啰音。X线胸片显示肺气肿、肺门纹理增粗和斑点状云雾影，常见毛发线（叶间积液）。一般2-3天症状缓解消失，治疗主要为对症即可；

2、B组链球菌肺炎：是由B组链球菌败血症所致的宫内感染性肺炎临床表现及X线所见有时与新生儿呼吸窘迫综合征难以鉴别。但前者母亲妊娠晚期多有感染、羊膜早破或羊水有异味史，母血或宫颈拭子培养有B组链球菌生长；

3、膈疝：生后不久表现为阵发性呼吸急促及青紫。腹部凹陷，患侧胸部呼吸音减弱甚至消失，可闻及肠鸣音。X线胸片可见患侧胸部有充气的肠曲或胃泡影及肺不张纵隔向对侧移位。部分病例在产前即可被胎儿超声所诊断。

此外，胎粪吸入综合征一般多见于过期产儿，有宫内窘迫史，胎粪污染羊水、皮肤和甲床。气道内存在胎粪，且胸廓膨隆，肺部可闻及湿啰音。胸片显示肺过度膨胀，肺野内有斑块状阴影，肺不张及肺气肿，而无支气管充气征。