新生儿感染性肺炎的病因有宫内感染性肺炎、分娩过程中感染性肺炎以及出生后感染性肺炎，是新生儿期最常见的感染性疾病，也是新生儿死亡的重要病因。据统计，围生期感染性肺炎死亡率约为5-20%。可发生在宫内、分娩过程中或生后，由细菌、病毒、原虫及真菌等不同的病原体引起。

1、宫内感染性肺炎(又称先天性肺炎)：主要的病原体为病毒，如风疹病毒巨细胞病毒、单纯疱疹病毒等。常由母亲妊娠期间原发感染或潜伏感染复燃病原体经血行通过胎盘屏障感染胎儿。孕母细菌(大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌)、原虫(弓形虫)或支原体等感染也可经胎盘感染胎儿；

2、分娩过程中感染性肺炎：羊膜早破、产程延长、分娩时消毒不严、孕母有绒毛膜炎、泌尿生殖器感染，胎儿分娩时吸入被病原体污染的羊水或母亲宫颈分泌物，均可致胎儿感染。常见病原体为大肠埃希菌、肺炎链球菌、克雷伯菌等，也可能是病毒、支原体。滞产、产道检查过多会增加感染机会；

3、出生后感染性肺炎：与呼吸道感染患者接触或者通过血行感染。还可以通过医源性途径，如医用器械，如暖箱、雾化器、供氧面罩等消毒不严，或通过医务人员手传播等引起感染性肺炎。

此外，机械通气过程中也可引起呼吸机相关性肺炎。病原体以金黄色葡萄球菌、大肠埃希菌多见。近年来机会致病菌，如克雷伯菌、铜绿假单胞菌、柠檬酸杆菌等感染增多病毒则以呼吸道合胞病毒、腺病毒多见，沙眼衣原体、解脲脲原体等亦应引起重视广谱抗生素使用过久易发生真菌感染。