新生儿坏死性小肠结肠炎的治疗主要有禁食、抗感染、支持疗法等，多见于早产儿，发生时间和胎龄相关，胎龄越小，发病时间越晚。足月儿可在生后1周内发病，而早产儿主要在生后2-3周发病，极低出生体重儿可迟至2个月。

1、禁食：需绝对禁食及胃肠减压，Ⅰ期72小时，Ⅱ期7-10天，Ⅲ期14天或更长。待临床情况好转，大便潜血转阴，X片异常征象消失后可逐渐恢复经口喂养；

2、抗感染：一般可选氨苄西林、哌拉西林或第3代头孢菌素，如血培养阳性，参考其药敏选择抗生素。如为厌氧菌首选甲硝唑，肠球菌考虑选用万古霉素。抗生素疗程视病情轻重而异；

3、支持疗法：维持水电解质平衡，每日供给液体,根据胃肠道丢失再作增减。由于禁食时间较长，给予胃肠外营养。有凝血机制障碍时可输新鲜冰冻血浆，严重血小板减少可输注血小板;出现休克时给予抗休克治疗。

此外，约20%-40%的患儿需要外科手术治疗，肠穿孔是新生儿坏死性小肠结肠炎手术治疗的绝对指征，但通过内科积极的保守治疗，临床表现持续恶化，出现腹壁红斑、酸中毒、低血压等也意味着需要手术治疗。手术治疗方法主要有腹腔引流、剖腹探查术、坏死或穿孔部分肠切除肠吻合术及肠造痿术。