免疫重建是采用正常细胞或基因片段植入患者体内，使之发挥其功能，以持久地纠正免疫缺陷病。包括胸腺组织移植以及造血干细胞移植。

1、胸腺组织移植：包括胎儿胸腺组织移植和胸腺上皮细胞移植，其疗效不肯定，且约1/10接受胸腺移植的患者发生淋巴瘤，目前已较少使用；

2、造血干细胞移植：目前全球根治PID的主要方法，国内报道干细胞(主要为骨髓或脐带血造血干细胞)移植治疗部分PID(SCID、XHIM、WAS和CGD)取得良好效果，成功率为65%-85%,遗传背景一致的同胞兄妹位为最佳供者，成功率可达90%以上。

一些患儿接受胎肝移植后出现嵌合体表明移植成功，此法目前已很少使用。已有超过1000例原发性免疫缺陷患儿接受骨髓移植bM。

此外，脐血富含造血干细胞，可作为免疫重建的干细胞重要来源。脐血干胞移植后GVHR较无关供体配型骨髓，移植为轻。外周血干细胞移植亦可以采用。