目前使用抗病毒药物的指征包括人类免疫缺陷病毒感染的临床症状、CD4阳性T细胞绝对数或百分率下降、年龄在1岁以内的患儿以及年龄大于1岁的患儿，无临床症状者。

人类免疫缺陷感染的临床症状，包括临床表现A、B或C。CD4阳性T细胞绝对数或百分率下降，达到中度或严重免疫抑制。年龄在1岁以内的患儿，无论其临床、免疫学或病毒负荷状况。年龄大于1岁的患儿，无临床症状者，除非能明确其临床疾病进展的危险性极低或存在其他需延期治疗的因素，也主张早期治疗。应严密监测未开始治疗的病例的临床、免疫学和病毒负荷状态。

最近对人类免疫缺陷病毒感染发病机制的了解和新的抗反转录病毒药物的出现，使人类免疫缺陷感染治疗已发生很大变化，所有抗反转录病毒药物均可用于儿童病例。

此外，一旦发现以下情况应立即开始治疗，人类免疫缺陷RNA复制物数量极高或进行性增高、CD4阳性T细胞绝对数或百分率很快下降，达到中度免疫学抑制、出现临床症状。