小儿获得性免疫缺陷综合征的抗病毒治疗的药物种类较多，一般包括核苷类反转录酶抑制剂、非核苷类反转录酶抑制剂以及蛋白酶抑制剂三类。

1、核苷类反转录酶抑制剂：包括齐多夫定、二脱氧肌苷、拉米夫定以及司坦夫定等药物。此类药物能选择性地与人类免疫缺陷病毒反转录酶结合，并渗入正在延长的DNA链当中，使DNA链终止，从而抑制人类免疫缺陷病毒的复制和转录；

2、非核苷类反转录酶抑制剂：如奈韦拉平,地拉韦定等。其主要作用于人类免疫缺陷病毒反转录酶的某个位点，使其失去活性，从而有效抑制人类免疫缺陷病毒复制；

3、蛋白酶抑制剂：如沙奎那韦、地那韦、奈非那韦和利托那韦等。其机制通过抑制蛋白酶，即阻断人类免疫缺陷病毒复制和成熟过程中所必需的蛋白质合成，从而抑制人类免疫缺陷病毒的复制。

单用一种药物治疗效果差，目前提倡2种以上药物联合治疗，但药物最佳搭配并无定论。已确诊的获得性免疫缺陷综合征患儿应转入指定医院接受治疗。