通常情况下，肛瘘手术的并发症包括出血、感染、尿潴留、创面搭桥、肛门失禁、直肠黏膜脱垂等。

1.出血：一般术后创面有少量渗血，用凡士林纱条加棉球填塞外加敷料固定即可止血；如有较大血管破裂，出现活动性出血点时，必须用丝线缝合结扎止血。

2.感染：如术后不坚持便后温水坐浴，不坚持换药，则粪便的污染加上劳累，极易使创面发生感染，这时必须用抗生素控制感染。

3.尿潴留：尤其是老年前列腺增生患者多见，一般发生在术后24小时内。第一次排尿产生困难，可采用按摩或热敷下腹部膀胱区，必要时可用针灸治疗，严重者需要导尿。

4.创面搭桥：创面肉芽组织未能从基底部向上生长，而是从两侧向中间过快地生长，搭起“桥”来，在肉芽组织的底下仍存在一瘘道，表面看起来像已经好了一样，实际上是“假性愈合”，需要重新切开修剪，发生往往是换药不及时或不适当，或者是患者术后过早过多食用高蛋白食物所致。

5.肛门失禁：早期常发生暂时性肛门失禁，多与炎症、组织破坏过多、疼痛及敷料有关。若括约肌受损，则有不同程度的肛门失禁，轻者为暂时性，一般在2~3周内恢复，重者则有不同程度的永久性肛门失禁，分为排气失禁、稀便失禁及成型便失禁。因此，对有侵犯多层括约肌的肛瘘，最好行切开挂线术或分期手术。

6.直肠黏膜脱垂：凡肛管直肠环以下的肛瘘手术，已侵犯括约肌者常并发黏膜脱垂。出现后可进行手法复位或者手术治疗，如胶圈套扎治疗。