全层角膜移植术是三级手术，技术难度较大，手术过程较复杂，风险度较高，术中可能出现多种并发症，如角膜出血、虹膜睫状体出血、脉络膜下腔驱逐性出血、虹膜和晶状体损伤、虹膜晶体隔膨隆等，具体如下：

1.角膜出血：新生血管较多的角膜在环钻时切口可能出血，可用拭子压迫止血，止血后再剪下角膜片；对明显血管化的角膜，在用环钻作移植床切穿部分角膜后，即由切口注入少量黏弹剂于前房，防止血液流入前房。

2.虹膜睫状体出血：在有些角膜移植手术的同时需分离虹膜粘连、切除虹膜或前房的机化膜等均可能导致出血，可先用小棉签压迫出血点止血，然后冲洗干净血凝块；如果血液已流入前段玻璃体，可采用玻璃体切割清除血染的玻璃体。

3.脉络膜下腔驱逐性出血：这是极为严重的术中并发症，多由于术中眼内压突然下降所诱发的脉络膜血管破裂所导致。一旦出现，应迅速进行抢救，包括迅速缝合移植片并在出血相对应位置的巩膜处切开，放出脉络膜下腔积血，待出血停止后清除前房和玻璃体积血，用缝线迅速缝合移植片；如果出血发生在制作植床时，应立即停止手术，用缝合切口，并作巩膜切口放出脉络膜下腔积血。

4.虹膜和晶状体损伤：常由于手术操作失误导致。为避免伤害眼内组织，环钻切口的深度不要超过2/3厚度角膜，用刀片切开前房，用剪刀完成移植床制作。如发生损伤，虹膜裂口大者需用尼龙线缝合，或做虹膜节段切除，以防产生复视；晶状体损伤者需行白内障手术。

5.虹膜晶体隔膨隆：婴幼儿手术在环钻切开角膜后，由于其巩膜硬度较低，巩膜向下塌陷使虹膜晶体隔膨隆，并可造成移植片缝合困难。如发生在手术早期，可暂先缝合切口，重建前房，推迟手术并找出其原因；如发生在移植床完成后，则应先缝合创口，再用粗针头由睫状体平坦部穿刺进入至眼球中央区，抽出少量玻璃体，待眼压降低后，再继续完成手术。

6.其他：可发生制作植片、植床时的失误，比如制作植片时发生移植片内皮撕裂，若面积超过1/4应弃去不用，移植片明显变形或边缘高度倾斜者亦应弃去不用，以免引起术后高度散光。