肝囊肿开窗术的并发症主要是包括切口出血、切口感染、腹腔感染、胆瘘，具体分析如下：

1.切口出血：术后可因术中止血不彻底、伤口撕裂等因素出现术后切口渗血，此时应密切观察切口恢复情况，可给予止血类药物进行治疗。

2.切口感染：主要表现为切口红、肿、热、痛，有脓性分泌物，切口不愈合或裂开，需要及时更换切口敷料，并合理使用抗生素。感染严重者应拆除感染部位缝线，彻底清除脓性分泌物，待感染控制后再行缝合。

3.腹腔感染：手术中可因脓液污染腹腔致腹腔感染，术中吸净脓液，彻底冲洗腹腔是减少此并发症的有效措施。

4.胆瘘：囊肿与胆小管相通，术后创面较大，术中未能发现和夹闭、缝扎某支细小胆管是导致术后胆瘘的主要原因。一般无需特殊处理，只要引流通畅，再加以强力抗生素控制感染，随着全身营养状况好转，细小的胆管损伤在引流后一段时间，可以自愈。