肛瘘切除术的并发症主要有创面不愈合、肛瘘复方以及肛门失禁等，建议由经验丰富的医生进行手术操作，有助于降低并发症的发生率。

1.创面不愈合：术中如因为内口不明显，导致遗留内口未切开，使一部分瘘管残留，创面无法愈合。或者瘘管壁瘢痕过多、复杂肛瘘未能发现、有结核性感染等情况，也可出现创面不愈合。如因瘘管切开不彻底，内口尚未切开，或复杂肛瘘尚有一部分未处理时，可以再次将需要切开的瘘管切开。当全部瘘管切开后，引流通畅，创面必将逐渐愈合。由于结核性感染而使创面不愈时，可将瘘管的结核感染组织予以切除，但切忌因切除过度而损伤括约肌。

2.肛瘘复发：肛瘘切除时处理不当，易致复发。如果手术时内部尚有一部分瘘管残留，引起以后愈合创面重新破裂而复发，这与瘘管常为弯曲不直，管壁组织较脆易被穿破有关。因此，手术中必须严格探明内口部位。较为可靠的方法仍为亚甲蓝液由肛瘘外口注入，用洁白湿纱布放在肛管及直肠下端肠腔内以显示内口的部位及深度。较浅的内口可以用窥肛器见到，有时也可以用手指摸到与四周健康组织感觉不同。然后再用探针从外口轻轻插入，用手指在肛管内引导探针从内口穿出，方能避免遗留内口未切开。

3.肛门失禁：脓腔较深，位于肛管直肠环上方，若一期切开内口，势必导致肛门失禁，因此术中采用挂线疗法较安全。