肛瘘切开术的并发症主要有创面延迟愈合、肛瘘复发、肛门失禁、出血以及尿潴留，建议由经验丰富的医生进行手术操作，有助于降低并发症的发生率。

1.创面延迟愈合：括约肌分离越多，愈合越慢，粪便污染几率越大，术后可采用冲洗、温水坐浴，保持创面清洁，促进创面生长等方法预防其发生。

2.肛瘘复发：肛瘘内口判断有误和瘘管组织未充分清除，则易致复发。因此，手术中必须严格探明内口部位。较为可靠的方法仍为亚甲蓝液由肛瘘外口注入，用洁白湿纱布放在肛管及直肠下端肠腔内以显示内口的部位及深度。较浅的内口可以用窥肛器见到，有时也可以用手指摸到与四周健康组织感觉不同，然后再用探针从外口轻轻插入，用手指在肛管内引导探针从内口穿出，方能避免遗留内口未切开。

3.肛门失禁：发病率约为10%~50%，脓腔较深，位于肛管直肠环上方，若一期切开内口，括约肌切开过多，则会导致肛门失禁，因此术中采用挂线疗法较安全，避免直接切开。

4.出血：不多见，常由于血管回缩而未予及时结扎所致，术后应严密观察患者有无出血征象。肛瘘术后创面少许渗血常见，可暂时用纱布填塞，加压包扎。如出血量多甚至大出血，可致失血性休克，是严重并发症，应紧急处理。出血多者应补液并输血，及时补充血容量，以免发生失血性休克。如压迫止血无效或大出血者，应在麻醉下对出血点进行有效的缝扎止血。

5.尿潴留：肛瘘切开术后尿潴留也是常见并发症，原因有麻醉作用，疼痛，肛管内填塞物过多过紧压迫尿道，或肛门疼痛使膀胱颈与尿道括约肌痉挛所致排尿障碍。部分患者不习惯床上排尿，或因前列腺增生等原因排尿困难，或惧怕伤口疼痛，出血不敢用力排尿所致。减少肛管内填塞物，做好患者的思想工作，消除紧张情绪。排尿时提供隐蔽的环境，可让患者听流水声或用温水冲洗会阴部，双手轻轻按摩腹部，热敷下腹部，以减轻膀胱括约肌痉挛，利于排尿。若上述方法无效，尿潴留时间较长者，应在严格无菌操作下行导尿，留置尿管，定时开放，促进膀胱功能恢复。