将胚胎移植到母体后，第二天肚子咕咕叫还经常放屁可能是因为服用药物、饮食不当、过度紧张等导致，一般不需要特殊的处理，但可以通过按摩腹部来缓解。

1、服用药物：在胚胎移植之前，临床上往往需要运用一些激素药来保证胚胎能成功发育，这些药物会导致体内激素水平的变化，从而会影响到胃肠道的蠕动。如果胃肠道蠕动过慢，肠道产气、排气的速度也会减慢，所以肚子就会出现咕咕叫的症状，这是一种正常的现象，建议不用太过于担心；

2、饮食不当：一般在移植手术之前，会要求患者术前十二小时内停止进食，确保激素水平的稳定，并且在移植手术之前要喝1000毫升以上的水，以保证膀胱充盈，有利于移植手术的成功进行。因此，移植第二天之后，肠胃功能有可能会出现一定的紊乱，特别是进食了过于油腻的营养汤，则有可能会导致肚子出现咕咕叫的现象。不需要特殊处理，注意饮食清淡、易消化即可；

3、紧张心理：做胚胎移植手术时，女性一般都会出现紧张的心理，人体过度紧张时，容易出现自主神经的紊乱，体现在消化系统则容易导致肠易激综合征，出现肠道痉挛的情况，所以也会表现为放屁多、肚子咕咕叫等情况。建议适当调整自己的心态，陪同的家属以及主诊的医生也要多对患者进行开导，以避免或减轻该症状。

因此，胚胎移植后肚子如果出现不舒服，不要过于紧张，建议尽量卧床休息，在进食半个小时后，可以用手掌轻揉按摩腹部来促进消化，以免出现肚子咕咕叫还经常放屁的情况。