原发性共同性内斜视要与非共同性斜视、先天性内斜视和共同性外斜视相鉴别，从临床表现、影像学检查方面可鉴别：

1、非共同性斜视：又称非共转性斜视，是由于神经和肌肉本身的病变引起的单条和多条眼外肌完全或部分性麻痹所致的眼位偏斜，其偏斜角度在不同注视方向和距离而有所不同，同时伴有不同程度的眼球运动障碍。而原发性共同性内斜视在各个方向，不论何眼为注视眼，其偏斜角度均相等。通过屈光度检查可以与原发性共同性内斜视明确鉴别。

2、先天性内斜视：先天性内斜视一般在生后或生后数日内发生内斜，表现为偏斜角大，斜视角稳定，伴有眼球运动异常。通过视力和屈光检查与原发性共同性内斜视明确鉴别。

3、共同性外斜视：分为原发性和继发性2种，原发性者包括外隐斜、间歇性外斜视及恒定性外斜视。继发性者包括知觉性外斜视，系由一眼视力不好而引起，及手术后外斜视。表现为外斜开始为外隐斜，进一步发展为间歇性外斜及恒定性外斜视。通过临床表现和眼位检查AC/A比值可以与原发性共同性内斜视明确鉴别。