真菌性角膜炎治疗时的常见药物包括两性霉素B、匹马菌素、制霉菌素滴剂、咪唑类、氟胞嘧啶。

1、两性霉素B：可抑制对念珠菌、隐球菌和曲菌，但毒性较大，患者需避免全身应用。以0.05%-0.15%滴眼液频滴，或制成0.5%软膏局部涂用。

2、匹马菌素：以5%混悬液滴眼，每日滴用勿多于8次（过于频繁滴用可对角膜上皮产生毒性）。

3、制霉菌素滴剂：可滴用或软膏局部涂用。

4、咪唑类：为一类广谱抗真菌药，其中氟康唑具有水溶性好、口服吸收快、全身分布广、半衰期长、肝毒性低等优点。根据病情可口服或静脉注射。其他咪唑类，如咪康唑1%滴剂或眼膏，克霉唑1%-3%滴剂或膏剂。

6.氟胞嘧啶：（1%局部滴用）对酵母菌有抑制作用，临床多与两性霉素B合用，以提高疗效。