早期明确诊断后尽早合理用药。抗真菌药物是治疗真菌性角膜炎的主要手段，以局部应用为主，必要时配合结膜下注射或全身用药。

一、药物治疗

1、两性霉素B：可抑制对念珠菌、隐球菌和曲菌，但毒性较大，患者需避免全身应用。以0.05%-0.15%滴眼液频滴，或制成0.5%软膏局部涂用。

2、匹马菌素：以5%混悬液滴眼，每日滴用勿多于8次（过于频繁滴用可对角膜上皮产生毒性）。

3、制霉菌素滴剂：可滴用或软膏局部涂用。

4、咪唑类：为一类广谱抗真菌药，其中氟康唑具有水溶性好、口服吸收快、全身分布广、半衰期长、肝毒性低等优点。根据病情可口服或静脉注射。其他咪唑类，如咪康唑1%滴剂或眼膏，克霉唑1%-3%滴剂或膏剂。

6.氟胞嘧啶：（1%局部滴用）对酵母菌有抑制作用，临床多与两性霉素B合用，以提高疗效。

二、一般治疗

将溃疡表面的坏死组织尽可能的搔刮、清除掉，可应用碘酊烧灼溃疡面。本病治疗较困难，有时需联合用药及手术等多种疗法方可奏效。

三、手术治疗

角膜变薄即将穿孔或已经穿孔者，可行结膜瓣遮盖术或角膜移植术。