先天性食管闭锁是新生儿期消化道的一种严重发育畸形，其并发症包括肺不张、吸入性肺炎、食管气管瘘的再发生、呼吸功能衰竭、窒息、化学性肺炎。

1、肺不张：肺炎最为常见，可合并肺不张，胃酸进入食管也很容易引起肺不张。常见症状为胸闷，气急，呼吸困难，干咳等。

2、吸入性肺炎：患者表现为每天进食后有痉挛性咳嗽伴气急，常咳出浆液性泡沫状痰，可带血，体温可出现中高热，两肺可闻及湿啰音和哮鸣音。

3、食管气管瘘的再发生：主要是因感染或缝合不全所致。患儿出现发作性咳嗽、呼吸困难及肺炎，确诊后可再次修补。

4、呼吸功能衰竭：患者出现呼吸困难、紫绀及三凹征、呼吸节律、幅度发生异常及意识障碍等。

5、窒息：表现为呼吸极度困难，口唇、颜面青紫，心跳加快而微弱，病人处于昏迷或者半昏迷状态，紫绀明显，呼吸逐渐变慢而微弱，继而不规则，到呼吸停止，心跳随之减慢而停止。

6、化学性肺炎：患者出现发绀、心动过速、支气管痉挛和呼吸困难，在受累的肺野可听到哮鸣音或啰音。