脑发育不良需要与运动发育迟缓、先天性肌弛缓、进行性脊髓肌萎缩症进行鉴别，具体如下：

1、运动发育迟缓：有些小儿的运动发育稍比正常同龄儿落后，特别是早产儿。但其不伴异常的肌张力和姿势反射，无异常的运动模式，无其他神经系统异常反射。运动发育落后的症状随小儿年龄增长和着重运动训练后，可在短期内使症状消失。

2、先天性肌弛缓：患儿生后即有明显的肌张力低下、肌无力、深腱反射低下或消失。平时常易并发呼吸道感染，本病有时被误诊为张力低下型脑瘫，但后者腱反射一般能引出。

3、进行性脊髓肌萎缩症：于婴期起病，肌无力呈进行性加重，肌萎缩明显，腱反射减退或消失，常用呼吸肌功能不全而反复患呼吸道感染，肌肉活组织检查可助确诊。