阴道鳞状上皮癌的病因尚不明确，可能与HPV感染、慢性刺激、盆腔放疗、病毒感染、雌激素缺乏等相关。

1、HPV感染：HPV称为人乳头瘤病毒，高危型HPV持续感染是导致宫颈癌、阴道癌、外阴癌的因素之一。

2、、慢性刺激：原发性阴道鳞癌常发生于后穹隆，认为可能与子宫脱垂病人长期使用子宫托、阴道白斑或局部炎症刺激有关。

3、盆腔放射治疗：原发性阴道癌约有20%以上病人曾有盆腔放射治疗史。一般认为宫颈癌放射治疗后10-40年可发生阴道细胞结构不良或阴道癌。40岁以下盆腔放射治疗病的妇女，阴道癌的发生率较高。

4、免疫抑制：凡先天或后天获得性和人工性的免疫抑制病人，肿瘤的发生率较高。阴道癌也不例外，其发生率在免疫抑制病人中较高。

5、雌激素缺乏：阴道鳞癌好发于年迈的妇女，可能与绝经后雌激素水平低下有关，导致了阴道黏膜上皮萎缩，为致癌因子创造了有利条件。

6、近来认为阴道透明细胞腺癌与内外源性雌激素也与疾病的发生有关。