阴道纵隔需要与阴道横隔、阴道斜隔、继发性阴道狭窄等疾病进行鉴别。

1、阴道横隔：在胚胎期由于泌尿生殖窦-阴道球向头端增生、增长演变而成的阴道板，自下而上腔道化时受阻，阴道横隔未贯通或未完全腔化所致。横隔可发生在阴道较高段，部分可闭锁，可不影响性生活可以受孕，但在分娩时影响胎儿娩出，宜在分娩时做横隔切开术；横隔可发生在阴道较低段，可影响性生活，完全闭锁时应及时做阴道横隔切开术。

2、阴道斜隔：又称阴道斜隔综合征，是一类女性的生殖道畸形，指双子宫、双宫颈、双阴道，一侧阴道完全或不完全闭锁的先天性畸形，常伴有斜隔侧泌尿系畸形，以肾缺如多见。可凭借子宫输卵管碘油造影显示结果，将其与阴道横隔进行区分。

3、继发性阴道狭窄：有外伤、炎症、局部使用腐蚀药史。